Horizontálna priorita (HP) Národného strategického referenčného rámca (NSRR) je priorita, ktorá komplementárnym spôsobom vplýva na ciele NSRR a ktorej zmyslom je zabezpečiť dosiahnutie pre ňu definovaného cieľa, ktorý sa týka viacerých priorít NSRR a nemôže byť teda zabezpečený len prostredníctvom jedného operačného programu ale vyžaduje si koordinovaný prístup pretínajúci viaceré špecifické priority, resp. projekty.
Regionálny operačný program má svojim prierezovým charakterom potenciál prispievať k napĺňaniu cieľov všetkých štyroch nižšie uvedených horizontálnych priorít NSRR SR na roky 2007-2013
Na implementácii horizontálnych priorít spolupracuje Riadiaci orgán pre Regionálny operačný program (MVRR SR) s koordinátormi horizontálnych priorít. Koordinátori horizontálnych priorít zabezpečujú na základe poverenia vlády SR koordináciu horizontálnych priorít, ktoré komplementárnym spôsobom vplývajú na ciele NSRR. Podrobnejšie informácie o problematike horizontálnych priorít sú dostupné na internetových stránkach jednotlivých koordinátorov horizontálnych priorít. V procese prípravy NSRR boli identifikované nasledujúce horizontálne priority (s odkazom na internetové stránky jednotlivých koordinátorov horizontálnych priorít):
HP Marginalizované rómske komunity: romovia.vlada.gov.sk
HP Rovnosť príležitostí: www.gender.gov.sk
HP Trvalo udržateľný rozvoj: www.sepavs.gov.sk
HP Informačná spoločnosť: www.sepavs.gov.sk