Vychádzajúc zo znenia zákona č. 546/2010 Z. z. sa povinne zverejňujú iba faktúry, ktoré sa týkajú povinne zverejňovaných zmlúv (§ 5b, ods. 3 zákona č. 211/2000 Z. z.), avšak vzhľadom na otvorenosť voči verejnosti a transparentnosť postupov sa organizáciám verejnej správy odporúča zverejňovať všetky došlé aj odosielané faktúry.
Faktúrou je na tento účel každý dokument, ktorý spĺňa vecný obsah faktúry, t.j. aj cestovné lístky či účtenka z hotela, avšak podľa § 5b, ods. 3, zákona č. 211/2000 Z. z. sa povinné zverejňovanie týka iba tých faktúr, ktoré sa týkajú povinne zverejňovaných zmlúv. Zverejnenie širšieho spektra faktúr je na zvážení povinnej osoby.
Je potrebné upozorniť aj, že limity pre zverejňovanie faktúry (a objednávky), ktoré boli určené nariadením vlády SR č. 118/2011 Z. z., boli po novele zákona s účinnosťou k 1. januáru 2012 odstránené a ďalej už neplatia.
Pre faktúry takisto platí obdobný postup a podmienky ako pri zverejňovaní zmlúv, pričom rovnako ako pri objednávkach je plne dostačujúce a prioritne odporúčané zverejnenie prostredníctvom popisných metaúdajov, a to aj pre faktúry, ktoré boli doručené alebo zaplatené pred 1. januárom 2012. Zverejnenie prostredníctvom digitalizovaných (skenovaných) podôb so sebou opäť nesie riziko falšovania.
Okrem povinných metaúdajov podľa § 5b, ods. 1, písm. b) zákona č. 211/2000 Z. z. sú odporúčanými metaúdajmi pre faktúru nasledovné údaje:
a) zverejnenie všetkých údajov faktúry podľa zákona č. 222/2004 Z. z. o dani z pridanej hodnoty,
b) splatnosť faktúry,
c) dátum zaplatenia faktúry,
d) spôsob zaplatenia faktúry.
Pri snahe o digitalizáciu došlých faktúr nastáva určitý problém, nakoľko tieto dokumenty sú principiálne preberané dokumenty bez vlastníctva zdrojovej elektronickej verzie.
Do úvahy preto prichádzajú dva postupy:
a) zmluvne alebo dohodou si vyžiadať zdrojový elektronický dokument od dodávateľa,
b) konvertovať daný dokument v súlade s kapitolou 2 tohto usmernenia.
Pokiaľ je primárny vecný obsah (t. j. vyplnené údaje, nie predtlačené hlavičky formuláru a podobne) písaný rukou, celý dokument je možné naskenovať a ponechať bez rozoznania znakov (naďalej sa však ukladá v textovom súbore). Tento princíp je možné používať aj pri vytlačených a rukou vypísaných tlačivách a podobne.